目前认为肺孢子菌为真菌，感染人类的肺孢子菌菌种已经从卡氏肺孢子菌更改为耶氏肺孢子菌，它可寄生于多种动物如鼠、犬、猫、兔、羊、猪、马、猴体内，也可寄生于健康人体，它广泛分布于自然界，如土壤、水等。

肺孢子虫可经过空气传播，人类中的新发感染最有可能是通过人际传播获得的。免疫系统正常的个体可能存在无症状的肺部定植，可作为存储的宿主将肺孢子菌传给免疫功能受损的宿主。

肺孢子虫可在肺内繁殖，并逐渐充满整个肺泡腔，它可以引起肺泡上皮细胞空泡化、脱落、坏死、肿胀。肺间质会充血水肿并有淋巴细胞、巨噬细胞和浆细胞浸润，亦可见中性粒细胞和嗜酸性粒细胞。

其他的特定危险因素有：免疫抑制药物、糖皮质激素、抗排斥药物、癌症（特别是血液系统恶性肿瘤）、实体器官移植、造血细胞移植、炎症性疾病如风湿、严重营养不良。

有研究显示，非HIV肺孢子虫感染的比例可以高达53%，其中他们最常见的基础疾病为血液系统肿瘤、实体肿瘤、炎症性疾病、器官移植和血管炎。

大多数肺孢子虫感染患者以少痰、干咳起病，体温正常或发热，之后出现胸痛、呼吸困难，很快出现呼吸窘迫，未及时发现的患者病死率可高达90-100%。

PCP感染可出现症状和体征不符合，也就是症状重、体征轻。

影像学上，非HIV感染的PCP的典型放射学特征为双侧弥漫性间质浸润，高分辨CT上可出现广泛的磨玻璃样不透光区域或囊性病灶，较少的影像学表现有：肺叶浸润、单个或多个结节（可形成空洞）、肺大泡、气胸。

图示见下，磨玻璃伴囊性病灶

对具有PCP危险因素、存在肺炎和提示性影像学表现的，应当考虑PCP。对于存在免疫功能受损的或正在接受联合免疫治疗的患者，若未接受PCP预防，当出现肺炎、提示性影像学表现的时候，应当立即进行PCP评估。

临床上，可安全的获取痰液或肺泡灌洗液等样本，然后进行微生物学识别。如果不能获得呼吸系统样本，应当依据患者的风险、临床表现、血清诊断性检测（β-D葡聚糖）来诊断。拿到呼吸系统样本之后，因为肺孢子菌无法培养，可以对呼吸系统样本进行着色剂染色（六胺银染色）、荧光抗体染色或基于PCR的检测，也可以做二代测序（价格昂贵）。需要注意的是，HIV患者中肺泡灌洗诊断检出率超过90%，诱导痰液标本染色镜检诊断检出率50-90%，但是在非HIV患者中，因为肺孢子菌负荷量较少，检出率较低。