真菌物种的命名经历了持续而显著的变化,自2013年废止双名命名法以及分子生物学技术在分类学上的应用以来,许多过去的分类错误得以纠正,这影响了许多医学上重要的真菌的命名。到目前为止引起人们最多关注的念珠菌属酵母菌。例如Candida krusei(克柔念珠菌)Candida glabrata(光滑念珠菌),Candida guilliermondii(季也蒙念珠菌),Candida lusitaniae(葡萄牙念珠菌),Candida rugosa(皱褶念珠菌)已经分别更名为Pichia kudriavzevii(阿兹氏毕赤酵母),Nakaseomyces glabrata, Meyerozyma guilliermondii, Clavispora lusitaniae, Diutina rugosa。目前尚无针对微生物实验室实施物种名变更的指南,人们一直担心实验室的报告会由于使用了临床医生不熟悉的物种名而引起其误解或遭到驳回。本文概述了临床上重要真菌的主要群名称变更的基本原理,以及对更名管理提出了实践性的建议。
系统发育分析,76个酵母亚门酵母菌之间的遗传和对抗真菌药敏感性的关系,这76个酵母菌在14个公认的分支中。该树基于核糖体DNA数据(18S、ITS1、5.8S、ITS2和D1/D2),并采用最大似然分析方法构建。粗体中的物种名称表示在临床中的常见的报告用法。总体的抗真菌药敏感性也在该树中呈现。
作者依据真菌临床表现的不同和临床分类习惯,将临床重要的真菌的名称变更总结成表,非常方便相关学者查阅。
1. 临床重要的念珠菌名称变更总结
2. 临床重要的透明丝孢霉名称变更总结
3. 临床重要的双相真菌名称变更总结
4.临床重要的暗色丝孢菌名称变更总结
5.临床重要的腔孢纲真菌名称总结
6.临床重要的毛霉菌名称变更总结
总结:
真菌名称变化引起的问题包括含有陌生物种名的病理报告可能会被误认为是非致病微生物,例如定植菌和实验室、环境微生物。同时,可能会引起分子、文献数据库或当地流行病学和抗真菌药敏谱的混乱。鉴于目前缺少公认的真菌名称变更实践指南,本文作者作出如下建议:
1. 建议所有微生物实验室,无论其规模、地理位置、真菌学专业程度或监管结构如何,都应在可行的情况下尽快采取措施使用更新后的真菌命名。最终,这将使国家和国际上实验室间的报告保持一致,减少潜在的混淆,并支持对实验室工作人员和临床医生的教育。
2. 当使用新的名称报告病原体时,先前的名称也必须包括在报告中。例如Pichia kudriavzevii (Candida krusei)生长,或者Pichia kudriavzevii生长,该菌曾被称为Candida krusei。根据不同的实验室信息系统,以上写法可被编程为自动导出来保持一致。
3. 根据标本的范围和临床医生的普遍接受程度,可能有必要在报告中保留病原体旧名称5年或更长时间以上。
4. 对于所使用的鉴定方法不够敏感或不可靠的分类群,报告至复合群水平是有用的,并提供适当的临床相关意见;例如,“隐球菌复合群生长”或“烟曲霉复合群生长”。复合群可能包括一些对一种或几种抗真菌药物敏感性下降的病原体,它们可能降低了对一种或多种抗真菌药物的敏感性。”在这些情况下,指出用于识别的方法可能也很重要。
5. 报告策略必须保持一致,要求所有实验室工作人员都要接受培训。新的名称应在实验室信息系统和程序手册中尽快更新。
曼彻斯特大学真菌参比中心临床服务首席专家 Dr Riina Richardson 呼吁临床关注真菌命名的变化,并在官方网站上撰文提醒同行注意。此次命名的更新对临床的提示意义重大,部分真菌按照新的命名种属发生了重大变化,部分解释了为何按照旧命名对真菌的天然耐药,热耐受性等认识不足,导致临床治疗效果较差。同时也说明按照新的命名,正确的识别真菌的种属对临床治疗的重要性。培养、镜检几乎不可能精确到具体种属,而采用16S rDNA、18S rDNA、ITS等可鉴别真菌的分子方法,如荧光定量PCR,靶向基因测序在真菌的种属识别上具有天然优势。真菌分子检测将在真菌病的诊断中发挥越来越重要的功能。
原文:Kidd SE, Abdolrasouli A, Hagen F. Fungal Nomenclature: Managing Change is the Name of the Game. Open Forum Infect Dis. 2023 Jan 7;10(1).